El lunes 18 de julio de 1994 se produce el atentado que voló la sede de la AMIA.
Menem puso al frente de la Secretaría de Seguridad al brigadier Andrés Antonietti acusado de violación de los derechos humanos en dictadura.
En 1996 Cristina Fernández integró la Comisión bicameral de seguimiento de los atentados a la Embajada de Israel en 1992 y a la AMIA en 1994. Formó parte de la misma hasta 2001, cuando finalizó.
Quedó claro para Cristina, que se buscaba impedir que se llegara a la verdad. Hubo varios testigos que decían que el juez Galeano cometía irregularidades para que no se llegara al fondo del asunto.
Se inventaron acusaciones contra integrantes de la policía bonaerense para perjudicar a Duhalde y beneficiar a Menem. Al oficial superior Juan José Ribelli y otros policías los acusaron falazmente de ser un eslabón del atentado, junto a Carlos Telleldín, en la entrega de la camioneta con la que se habría realizado el atentado.
Entre otros factores, fue una jugada contra Duhalde que se candidateaba para presidente, dado que los policías acusados dependía de él que era gobernador de la Provincia de Buenos Aires.
En 2004 en el juicio oral de la causa AMIA se supo que el juez Galeano había ordenado a una parte de la SIDE que pagara 400 mil dólares a Telleldín para que acusara por el atentado a los policías de la provincia de Buenos Aires.
Era todo un entramado formado por Menem, integrantes del Poder Judicial, la Secretaría de Inteligencia y la Policía Federal controlada por Menem. El Tribunal Oral resolvió la nulidad de todo lo investigado. Volvió todo a foja cero y empezó AMIA II.
Una de las hipótesis que explican la parte internacional en el atentado es la siguiente:
De acuerdo a los telegramas de las embajadas de la época se desprende que Rabín le propuso a Menem y éste aceptó, excluir de la lista de sospechosos a Siria y reemplazarla por Irán. En esos años, Rabín había ya conseguido firmar acuerdos de paz con Egipto, Jordania y la OLP y avanzaba en un posible acuerdo con Siria. A Menem le servía dado sus vínculos con Siria. Kanoore Edul amigo del hermano de Menem -Munir Menem- fue sacado del caso por el juez Galeano. El juez Mahiques a conciencia salvó a Edul. Al año siguiente Rabín fue asesinado por un ultraderechista israelí.
AMIA II dispuso la libertad de Ribelli que se comió un garrón de 8 años preso.
Fue y sigue siendo uno de los fraudes procesales más importantes de la historia argentina.
Cristina en solitario firmó el Tercer Informe de la comisión parlamentaria para llevar a juicio oral al juez Galeano, cosa que no ocurrió en ese momento.
La causa de encubrimiento, AMIA I, se había iniciado en el 2000 a cargo del juez Claudio Bonadio, que había sido funcionario de Carlos Menem hasta días antes del atentado de la AMIA. Fue apartado del caso por su inacción y denunciado por la Cámara Federal que decidió su apartamiento. Bonadio fue el juez de “el escándalo de la servilleta” donde a dedo, en un bar, se anotaban en la servilleta los nombres, que se designaron jueces sin méritos, como jueces federales. Desde ahí ya venía la actual corrupción del Poder Judicial. Muchos de ellos aún están y han perseguido a Cristina con múltiples causas, todas truchas.
En lugar de Bonadio, quedó Ariel Lijo. Los imputados los dejo para más adelante. En 2004 el Tribunal Federal decreta la nulidad de todo lo actuado en la causa AMIA y se crea la UFI-AMIA para investigar el atentado, que la siguen los fiscales Alberto Nisman y Marcelo Martínez.
Nisman venia trabajando en el caso desde 1997 con los fiscales acusados de complicidad de encubrimiento: Mullen y Barbaccia. Quedó solo Nisman. Desde 2003 Nisman se vincula con Antonio Stiuso un poderoso agente de inteligencia desde la época de la dictadura, que llegó a ser jefe de Operaciones de la ex SIDE que se ocupaba de los iraníes. Vinculado a la CIA y el Mossad. Fueron estrechando la amistad.
En setiembre de 2004 quedó demostrado el desvío de la investigación y el encubrimiento y que el juez Galeano había armado una acusación falsa con complicidades varias, entre los que estaba el propio Nisman. Éste no apeló para seguir con la causa, consiguiendo ser nombrado al frente de la UFI-AMIA.
Nisman siguió atrás de su único objetivo: la culpabilidad de Irán, que habría sido pactada entre Rabín y Menem. Nisman seguía al pie de la letra el guión del Mossad y la CIA.
En octubre de 2006 Nisman y Martínez acusaban por el atentado al gobierno de Irán y a Hezbollah. Solicitaron al juez Canicoba Corral la captura internacional del presidente iraní y de otros funcionarios iraníes y a un integrante de Hezbollah. Las informaciones se apoyaban en la información de Stiuso.
En 2007 Nisman y Stiuso concentraron todo el poder, la información y los recursos de la UFI-AMIA.
Los gobiernos de Néstor y Cristina hicieron todo lo posible para seguir con la investigación, prueba de ello son sus discursos en la ONU. La causa estaba paralizada porque en Argentina no se pueden hacer juicios en ausencia y en Irán está prohibida la extradición de sus ciudadanos.
La firma del memorándum con Irán, el 27 de enero de 2013 buscaba destrabar una causa, que venía de más de 18 años atrás. Mientras se daban las negociaciones nunca se levantaron las alertas rojas contra los acusados, que sólo el juez de la causa puede levantarlas.
Al final el memorándum nunca entró en vigencia porque Irán nunca lo ratificó en su parlamento. Por eso es absurdo acusar a Cristina de traición a la patria por algo que nunca entró en vigencia.